El CNIC cuanta con una avanzada política en materia de beneficios sociales y con los más modernos sistemas de retribución flexible. Cabe destacar entre otros los siguientes:

Plan de Compensación Flexible: El Plan de Compensación Flexible es un sistema de retribución personalizado por el que cada empleado decide, voluntariamente, cómo percibir su retribución anual para que se adapte a sus necesidades personales y familiares de cada momento, permitiéndole un importante ahorro de impuestos

Seguro de Vida, Accidentes e Invalidez: El personal laboral del CNIC cuenta con un seguro de vida y accidentes en póliza colectiva para las contingencias de:

• Fallecimiento o invalidez permanente absoluta por enfermedad
• Invalidez Permanente absoluta por accidente 
• Doble indemnización  en caso de fallecimiento por accidente

Seguro de Responsabilidad Civil: Los investigadores y técnicos deben sentirse seguros y respaldados en las posibles repercusiones que su trabajo pueda tener para terceras personas.

Jornada laboral flexible: Los modernos criterios de conciliación de la vida laboral y familiar son tenidos en cuanta a la hora de establecer horarios de trabajo flexibles.

Ayuda para Guardería: importante ayuda mensual para hacer frente al pago de la guardería de los niños en edad preescolar.

Comedor de empresa: El personal del Centro tendrá a su disposición un menú cardiosaludable subvencionado por el CNIC así como los servicios de cafetería y vending.

Formación de inglés o español: El CNIC organiza cursos de inglés para todo el personal interesado, se trata de formación personalizada en grupos reducidos con profesores nativos y ofrece a los extranjeros clases de español para ayudarles a familiarizarse con el idioma.

Plan de conciliación de vida laboral y familiar: El CNIC incorpora a la regulación laboral del Centro las medidas de Conciliación de la Vida Laboral y Familiar establecidas en el punto 4 del “Acuerdo de la Mesa General por el que se establecen Medidas Retributivas y para la mejora de las condiciones de trabajo y la profesionalización de los empleados públicos” firmado por el Ministerio de Administraciones Públicas y las Organizaciones Sindicales  publicado en el B.O.E de 16 de diciembre de 2005