Se detecta una bajada de rendimiento y se ha comenzado a tener problemas con la lectura de los índices que se utilizan para la asignación de las reads de secuenciación a una u otra muestra. Hay ocasiones en las que no se leen todas las bases de un índice, aparecen “N” en lugar de las bases (A, C, G o T). Esto es un problema serio ya que debido a ello la mitad de las reads no se pueden asignar a ninguna muestra.
