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Mercedes Ricote se licenció en Biología en la Universidad Complutense (UCM) de Madrid. Comenzó su trayectoria investigadora en 1988, en el Departamento de Endocrinología del Hospital Ramón y Cajal de Madrid, estudiando los sistemas reguladores implicados en la patogénesis de la hipertensión esencial. En 1994 se doctoró en Biología por la UCM y tras la defensa de su tesis desarrolló una estancia posdoctoral en el Burnham Institute (San Diego, USA) donde estudió la regulación de la expresión génica en tumores colorectales. Siguiendo con su interés por la señalización de receptores nucleares y la investigación cardiovascular, en 1996 se incorporó al laboratorio del Dr. C. K. Glass en la Universidad de California (San Diego, USA), donde centró sus estudios en el papel del receptor gamma activado por proliferadores de peroxisomas (PPAR-gamma) en el desarrollo y la función de la regulación de la expresión génica en macrófagos. Fue la responsable principal del descubrimiento de que el PPAR-gamma y sus ligandos inhiben la activación de los macrófagos. Esta investigación fue publicada en Nature y su artículo ha sido citado más de 2600 veces, destacando así la importancia de su hallazgo.
En el año 2000 Mercedes formó su propio grupo de investigación como Assistant Research Scientist en el Department of Cellular and Molecular Medicine (UCSD), donde amplió sus investigaciones al estudio del potencial de los PPARs en inmunidad innata y adaptativa. Se incorporó al CNIC en Noviembre del 2004.