Técnicas

Secuenciación masiva

La Unidad ofrece servicios de secuenciación masiva utilizando la tecnología de Illumina para las siguientes aplicaciones:

  • RNA-Seq (desde ≤ 100 ng RNA total)
  • Low input RNA Seq:
    • desde 500 pg RNA total
    • a partir de células aisladas
    • Single-Cell RNA-Seq
  • Small RNA-Seq (desde 250 ng RNA total)
  • ChIP-Seq
  • PCR Seq
  • Whole Genome Sequencing
  • Exome Analysis
  • Targeted Resequencing

Automatización

La Unidad de Genómica pone a libre disposición de los usuarios dos aplicaciones informáticas desarrolladas "in situ". Automatic Genomics Next Generation Sequencing (AG-NGS) para la automatización de la preparación de genotecas para "Next Generation Sequencing" y la aplicación Automatic Genomics para qPCR (AG-qPCR) para la automatización de experimentos “medium throughput” de qPCR.

  • AG-NGS
    Desde esta página puedes descargar AG-NGS, una aplicación informática que permite a cualquier usuario automatizar el proceso de preparación de genotecas de Illumina para experimentos de “Next Generation Sequencing” utilizando protocols TruSeq y robots (Tecan) para manejo de líquidos.
  • AG-qPCR
    Desde esta página puedes descargar AG-qPCR, una aplicación informática que permite a cualquier usuario automatizar experimentos “medium throughput” de qPCR utilizando robots para manejo de líquidos Freedom Evo series (Tecan). (Callejas S, Alvarez R, Dopazo A. Biotechniques 2011, 50(1):46-50). Sin necesidad de ser un programador experto, el usuario puede optimizar el diseño de la placa de acuerdo a las características de su experimento teniendo en cuenta el número de genes, muestras y diferentes controles que desee incluir.

Otras técnicas

  • PCR cuantitativa a tiempo real (solo para investigadores del CNIC)
    • Mantenimiento y calibrado de los equipos de PCR cuantitativa
    • Asesoramiento y formación en el uso de la tecnología
    • Desarrollo de herramientas informáticas para el manejo y análisis de datos de qPCR
    • Servicio de tarjetas TaqMan
  • Fragmentación de ADN y ARN con Covaris

NOTA IMPORTANTE: Los investigadores de fuera del CNIC interesados en los servicios de la Unidad de Genómica del CNIC deben ponerse previamente en contacto con la unidad.

Equipamiento

Secuenciadores de NGS:

  • Illumina HiSeq 2500
  • Illumina HiSeq 4000
  • Illumina MiSeq

Plataformas para la automatización de procesos:

  • Plataforma robótica Freedom EVO 200 de Tecan
  • Plataforma robótica FLUENT de Tecan

Equipos para análisis genómico de célula única:

  • Fluidigm C1 Single Cell Auto Prep System
  • Chromium Controller (10x Genomics) for single cell analysis

Instrumentos de Real-Time PCR

  • ABI PRISM® 7900HT Sequence Detection System
  • ABI PRISM® 7900HT FAST Real-Time PCR System
  • ABI PRISM® 7000 Sequence Dectection System
  • BIORAD CFX 384 Touch Real Time PCR Detection System
  • BIORAD CFX 96 Touch Real Time PCR Detection System

Otros:

  • DNA ultrasonicator Covaris E220
  • Plataforma de Arrays de Affymetrix
  • Agilent 2100 Bioanalyzer System
  • Agilent 4200 TapeStation system