Técnicas

Next Generation Sequencing

(Para información más detallada ponerse en contacto con Ana Dopazo)

La Unidad ofrece servicios de secuenciación masiva utilizando la tecnología de Illumina para las siguientes aplicaciones:

  • mRNA-Seq (desde 500 ng RNA total)
  • RNA Seq (not poly A+ focused). En preparación
  • Low input RNA Seq:
    • desde 500 pg RNA total
    • a partir de células aisladas
  • Small RNA-Seq (desde 1 µg RNA total)
  • ChIP-Seq
  • PCR Seq
  • Exome Analysis
  • Targeted Resequencing

Técnicas “array-based”

La Unidad de Genómica está equipada con dos de las plataformas de microarrays de DNA más establecidas, Agilent Technologies y Affymetrix, y cuenta con una amplia experiencia en el uso de microarrays para estudios de transcriptómica y de microRNAs. La Unidad ofrece también asesoramiento en el diseño experimental inicial, así como para la fase de análisis de datos. Ésto es de crucial importancia para llevar a cabo con éxito el uso de este tipo de tecnologías de análisis masivo o high-throughput, cuya naturaleza, así como la enorme cantidad de datos que producen, requiere de aproximaciones experimentales distintas a las convencionales de la biología molecular.

La Unidad ofrece apoyo y servicio de las siguientes tecnologías “array-based”:

Automatización

La Unidad de Genómica pone a libre disposición de los usuarios dos aplicaciones informáticas desarrolladas "in situ". Automatic Genomics Next Generation Sequencing (AG-NGS) para la automatización de la preparación de genotecas para "Next Generation Sequencing" y la aplicación Automatic Genomics para qPCR (AG-qPCR) para la automatización de experimentos “medium throughput” de qPCR.

  • AG-NGS
    Desde esta página puedes descargar AG-NGS, una aplicación informática que permite a cualquier usuario automatizar el proceso de preparación de genotecas de Illumina para experimentos de “Next Generation Sequencing” utilizando protocols TruSeq y robots (Tecan) para manejo de líquidos.
  • AG-qPCR
    Desde esta página puedes descargar AG-qPCR, una aplicación informática que permite a cualquier usuario automatizar experimentos “medium throughput” de qPCR utilizando robots para manejo de líquidos Freedom Evo series (Tecan). (Callejas S, Alvarez R, Dopazo A. Biotechniques 2011, 50(1):46-50). Sin necesidad de ser un programador experto, el usuario puede optimizar el diseño de la placa de acuerdo a las características de su experimento teniendo en cuenta el número de genes, muestras y diferentes controles que desee incluir.

Otras técnicas

  • PCR cuantitativa a tiempo real (solo para investigadores del CNIC)
    • Mantenimiento y calibrado de los equipos de PCR cuantitativa
    • Asesoramiento y formación en el uso de la tecnología
    • Desarrollo de herramientas informáticas para el manejo y análisis de datos de qPCR
    • Servicio de tarjetas TaqMan

NOTA IMPORTANTE: Los investigadores de fuera del CNIC interesados en los servicios de la Unidad de Genómica del CNIC deben ponerse previamente en contacto con la unidad.

Equipamiento

  • Genome Analyzer IIx de Illumina
  • Illumina HiSeq 2500
  • Illumina MiSeq
  • DNA ultrasonicator Covaris E220
  • Plataforma robótica Freedom EVO 200 de Tecan
  • ABI PRISM® 7900HT Sequence Detection System
  • ABI PRISM® 7900HT FAST Real-Time PCR System
  • ABI PRISM® 7000 Sequence Dectection System
  • Plataforma de microarrays de Agilent Technologies
  • Plataforma de microarrays de Affymetrix